Suomen liito-oravien perinnöllinen monimuotoisuus on kapeaa. Suomalaisten liitureiden lähimmät sukulaiset elävät Luonnontieteellisen keskusmuseon, Helsingin ja Oulun yliopistojen sekä venäläisten tutkijoiden tutkimusten perusteella Tjumenin alueella Länsi-Siperiassa. Uralvuoret sijaitsevat näiden populaatioiden välillä, mutta liito-oraville se ei muodosta leviämisestettä, sillä Uralilla on paljon lajille sopivia metsiä. Sen sijaan avoimet alueet ja suuret joet laajoine penkereineen saattavat estää lajin leviämisen alueelta toiselle.

Liito-oravia elää boreaalisissa metsissä Venäjän itäosista Suomeen ja Viroon saakka. Laji sinnitteli jääkauden aikana idässä pienillä vetäytymisalueilla, joista se on ilmeisesti levinnyt varsin nopeasti jääkauden jälkeen länteen.

Tutkijat selvittivät liito-oravien perinnöllistä monimuotoisuutta ja populaatioiden välisiä yhteyksiä eri puolilla lajin levinneisyysaluetta Suomesta aina Venäjän kaukoitään asti. Monimuotoisuus oli kaikkein alhaisinta läntisimmällä, Suomessa elävällä liito-oravapopulaatiolla. Korkeinta se oli Sikhote-Alin alueella Venäjällä. Sikhote-Alin alueen liito-oravien korkea perinnöllinen monimuotoisuus johtunee alueen metsien luonnontilaisuudesta ja vähäisestä ihmisvaikutuksesta sekä suuren luonnonsuojelualueen läheisyydestä. Sikhote-Alin liito-oravat erosivat perimältään varsin paljon kaikista muista liito-oravapopulaatioista. Ne saattavatkin olla kokonaan oma alalajinsa.

Liito-orava suosii vanhoja puita ja monilajisia metsiä. Suomen liito-oravien alhainen perinnöllinen monimuotoisuus asettaa ne voimakkaasti alttiiksi ympäristön muutoksille, sillä köyhä perimä ei anna eväitä sopeutua muutoksiin.